›
›

Di truyền học quần thể

pdf 33 trang phuongnguyen 80
Download
Bạn đang xem 20 trang mẫu của tài liệu "Di truyền học quần thể", để tải tài liệu gốc về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên

Tài liệu đính kèm:

  • pdfdi_truyen_hoc_quan_the.pdf

Nội dung text: Di truyền học quần thể

  1. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Di truyền học quần thể ( phần 1 ) Trạng thái cân bằng của quần thể giao phối 1. Định luậtHardy-weinberg Năm 1908, nhà toán học người Anh G.N. Hardy và một bác sĩ người Đức là W. Weinberg đã độc lập nghiên cứu, đồng thời phát hiện ra quy luật phân bố các kiểu gen và kiểu hình trong quầnthể giao phối. Nội dung định luật chỉ ra rằng, trongnhững điều kiện nhất định, thì trong lòng một quần thể giao phối tần số tương đối của các alen ở mỗi gen có khuynh hướng duy trì không đổi từ thế hệ nay sang thế hệ khác. Ví dụ trong trường hợp đơn giản, gen A có 2 alen là A và a, thì trong quần thể có 3 kiểu trên AA, Aa, aa. Giả sử các kiểu gen trong quần thể ở thế hệ xuất phát là: 0,64AA + 0,32Aa + 0,04aa = 1 thì tần số tương đối củaalen A là: và tần số tươngđốicủaalen a là: 0,04 + 0,32/2 = 0,2 Tần số của A so với a ở thế hệ xuất phát là: 0,64 + 0,32/2 = 0,8 A/a = 0,8/0,2. Tỷ lệ này có nghĩa là trong số các giao tử đực cũng như giao tử cái, số giao tử mang alen A chiếm 80%, còn sốgiao tử mang alen a chiếm 20%. Khi tổ hợp tử do các loại giao tử này tạo ra thế hệ tiếptheo như sau: ♂ 0,8A 0,2a ♀ 0,8A 0,64AA 0,16Aa 0,2a 0,16Aa 0,04aa Tần số tương đối các kiểu gen ở thế hệ này là: 0,64AA + 0,32Aa + 0,04aa = 1 và tần sốtương đối các alen: A/a = 0,8/0,2 Trong các thế hệ tiếp theo tần số đó vẫn không thay đổi.
  2. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Tổng quát: Nếu một gen A có 2 alen: A với tần số p; a với tần số q thì ta có công thức: P2AA + 2pqAa + q2 aa = 1 . Lưuý rằng: p2 + 2pq + q2 = (p + q)2 = 1 => p + q = 1 => q = (1 - p) Do đó sự phân bố các kiểu trên còn có thể diễnđạt bằng: [pA + (1 - p) a]2 = 1 Nếu gen A có số alen nhiều hơn 2, ví dụ: a1, a2, a3 với các tần số tương ứng p, q, r, thì sự phân bố các kiểu trên trong quần thể sẽ tương ứng với sự triển khai biểu thức(p + q + r + )2 =1. Định luật Hardy-weinberg chỉ áp dụng cho quần thể giao phối và chỉ nghiệm đúng trongnhững điều kiện sau: - Có sự giao phối tự do, nghĩa là cá cá thể có kiểu gen và kiểu hình khác nhau trong quần thể đều giao phối được với nhau, với xác suất ngang nhau. Đây là điều kiện cơ bản nhất. - Quần thể phảicó số lượng cá thể đủ lớn. - Các loại giao tử mang alen trội, lặn được hình thành qua giảm phân với tỷ lệ ngang nhau, có sức sống nhưnhau, tham gia vào thụ tinh vớixác suất ngang nhau. - Các cơ thể đồng hợp và dị hợp có sức sống ngang nhau, được truyền gen cho các thếhệsau ngang nhau. - Không có áp lựccủaquá trình đột biến và quá trình chọn lọctự nhiên hoặc áp lực đó là không đángkể. - Quần thể đượccách ly với các quần thể khác,không có sự trao đổi gen. 2. Ý nghĩa địnhluậtHardy-weinberg Về thực tiễn, dựa vào công thức Hardy-weinberg có thể từ tỷ lệ kiểu hình suy ra tỷ lệ kiểu gen và tần số tương đối các alen, ngược lại, từ tần số tương đối của alen đãbiết có thể dự tính tỷ lệ các kiểugen và kiểu hình. Nắm được kiểu gen của một số quần thể có thể dự đoán tác hại của các đột biến gây chết, đột biến có hại, hoặc khả năng gặp những đồnghợptử mang đột biếncó lợi.
  3. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Về lý luận, định luật Hardy-weinberg giải thích vì sao trong tự nhiên có những quần thể đứng vững trạng thái ổn định trong thời gian dài. Trong tiến hoá, sự duy trì,kiên định những đặc điểm đạt được có ý nghĩa quan trọng chứ không phải chỉ có sự phát sinh các đặc điểm mới mới có ý nghĩa. Cấu trúc di truyền của quần thể 1. Quần thể tự phối Tự phối hay giao phối gần (gọi chung là nội phối) làm cho quần thể dần dần bị phân thành những dòng thuần có kiểu gen khác nhau. Trải qua nhiều thế hệ nội phối, các gen ở trạng thái dị hợp chuyển sang trạng thái đồng hợp. Số thể dị hợp giảm dần, số đồng hợp tăng dần. Sơ đồ 1: Sự biến đổi cấu trúc di truyền của quần thể tự phối qua các thế hệ 2. Quần thể giao phối a/ Tính đa hình của quần thể giao phối Quá trình giao phối là nguyên nhân làm cho quần thể đa hình về kiểu trên, sự đa hình về kiểu trên tạo nên sự đa hình về kiểu hình. Chẳng hạn, một gen A có a alen a1 và a2 qua giao phối tự do ra 3 tổ hợp a1a1, a2a2. Nếu gen A có 3 alen a1, a2, a3 sẽ tạo ra 6 tổ hợp a1a1, a1a2, a1a3, a2a2, a2a3, a3a3. Tổng quát, nếu gen A có r alen thì qua giao phối tự do, số tổ hợp về gen A sẽ là: GA = r(r -1)/2
  4. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Nếu có 2 gen A và B nằm trên những nhiễm sắc thể khác nhau, thì số tổ hợp các alen về cả 2 gen A và B cùng một lúc sẽ là: G = g A x g B Ví dụ gen A có 3 alen, gen B có 4 alen, thì G = 6 x 10 = 60. Tất cả các tổ hợp gen trong quần thể tạo nên vốn gen (gen pool) của quần thể đó. Sự đa hình về kiểu trên bao giờ cũng phong phú hơn sự đa hình về kiểu hình, vì sự biểu hiện kiểu hình của một alen đòi hỏi những tổ hợp đen xác định và điều kiện ngoại cảnh thuận lợi. Một quần thể được gọi là đa hình khi trong quần thể tồn tại nhiều kiểu hình khác nhau ở trạng thái cân bằng tương đối ổn định. Trong một quần thể có thể đa hình về tính trạng này nhưng đơn hình về tính trạng khác. b/ Tần số tương đối của các alen trong quần thể giao phối Tỷ lệ phần trăm mỗi loại kiểu hình trong quần thể được gọi là tần số tương đối các kiểu hình. Tần số tương đối của một hiện được tính bằng tỷ lệ phần trăm số giao tử mang alen đó. Từ tỷ lệ phân bố các kiểu hình có thể suy ra tỷ lệ phân bố các kiểu trên và từ đó suy ra tần số tương đối của các diễn. Ví dụ: có thể tính tần số tương đối của các diễn M và N (hệ nhóm máu M, N) trong hai quần thể người như sau: Bảng 1 : Tần số tương đối của các alen M và N Số Kiểu M N Tần số tương hình: N đối cá Quầ Kiểu M N của alen n thể th gen: N N Số % Số % Số % M N ể lượn lượng lượng được g NC 1.Da 6.12 1.787 29,1 3.039 49,58 1.303 21,26 0,539 0,460 trắn 9 6 g ch.
  5. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 2.Thổ 730 22 3,01 216 29,59 492 67,40 01178 0,822 dân Úc Những người thuộc nhóm máu M có kiểu trên MM cho ra toàn giao tử mang gen M, những người thuộc nhóm máu N, có kiểu gen NN, cho ra toàn giao tử mang men N, những người thuộc nhóm máu MN, có kiểu trên MN, cho một nửa giao tử mang alen M và một nửa số giao tử mang alen N. Tần số tương đối alen M ở quần thể 2 là: 3.01% + (29,59%)/2 + 17,79% = 0,178% Điều này có nghĩa, trong quần thể này cứ 1000 giao tử thì có 178 giao tử mang alen M, còn 822 giao tử mang alen N. Tần số này thay đổi tuỳ quần thể người. Tóm lại, tần số tương đối của các alen về một bên nào đó là dấu hiệu đặc trưng cho sự phân bố kiểu gen và kiểu hình trong quần thể đó. Chọn lọc tự nhiên tác động lên thành phần di truyền của quần thể Cả ba quá trình gây biến đổi tần số gene đã xét trên đây đều có một điểm chung là không một quá trình nào định hướng đối với sự thích nghi (adaptation). Theo nhận định của một số tác giả (Mayer 1974; Ayala và Kiger 1980), các quá trình này là ngẫu nhiên đối với sự thích nghi, do đó tự thân chúng sẽ phá hoại tổ chức và các đặc tính thích nghi của sinh vật. Chỉ có chọn lọc tự nhiên (natural selection) mới là quá trình thúc đẩy sự thích nghi và hạn chế các hiệu quả phá hoại tổ chức của các quá trình khác. Trong ý nghĩa đó, chọn lọc tự nhiên là quá trình tiến hóa khốc liệt nhất, bởi vì chỉ có nó mới có thể giải thích được bản chất thích nghi, tính đa dạng (diversity) và có tổ chức cao của các sinh vật. Ý tưởng về chọn lọc tự nhiên như là quá trình nền tảng, là động lực của sự biến đổi tiến hóa do Charles Darwin và Alfred Russel Wallace độc lập đưa ra năm 1858. Lý luận tiến hóa bằng chọn lọc tự nhiên đã được phát triển đầy đủ, với chứng cứ ủng hộ xác đáng, trong cuốn Nguồn gôc các loài (The Origin of Species) do Darwin xuất bản năm 1859. Theo Hartl et al (1988, 1997), trên quan điểm thuyết tổng hợp hiện đại, có thể hình dung chọn lọc tự nhiên xảy ra dựa trên ba điểm chính: (1) Ở mọi sinh vật, đời con được sinh ra nhiều hơn số sống sót và sinh sản; (2) Các cá thể khác nhau về khả năng sống sót và sinh sản và phần lớn những
  6. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - khác biệt này là do kiểu gene; (3) Trong mỗi thế hệ, các kiểu gene sống sót sẽ sinh sản nhiều hơn và quyết định sự phân bố lại các kiểu gene ở thế hệ sau. Hậu quả là, các allele tăng cường sự sống sót và sinh sản sẽ gia tăng tần số từ thế hệ này sang thế hệ khác, và quần thể đó sẽ ngày càng sống sót và sinh sản tốt hơn với môi trường của nó. Trên quan điểm đó, chọn lọc tự nhiên được định nghĩa là sự sống sót và sinh sản biệt hóa của các kiểu gene. Để hiểu được các tác dụng của chọn lọc lên biến dị di truyền, ta phải xét xem độ phù hợp tương đối (relative fitness) của các kiểu gene khác nhau. Nó có nhiều thuật ngữ đồng nghĩa như: độ phù hợp Darwin (Darwinian fitness), giá trị chọn lọc (selective value), hay giá trị thích nghi (adaptive value). Tựu trung, nó có thể được định nghĩa như là khả năng tương đối của các kiểu gene khác nhau trong việc truyền lại các allele cho những thế hệ tương lai (Weaver và Hedrick 1997). Bởi vì chọn lọc tự nhiên tác động bằng sự sinh sản biệt hóa, nên ta có thể xem nó là số đo hiệu năng sinh sản của một kiểu gene. Để cho tiện, các nhà di truyền học thường đặt định trị số độ phù hợp (w) bằng 1 cho kiểu gene có hiệu năng sinh sản cao nhất. Một đơn vị đo liên quan là hệ số chọn lọc (selection coefficient), được ký hiệy bằng s, và được định nghĩa là s = 1 − w. Hệ số chọn lọc đo mức độ giảm bớt độ phù hợp của một kiểu gene. Giả sử mỗi thế hệ các kiểu gene AA và Aa đều sinh được 100 con, còn thể đồng hợp lặn sinh được 80 con; nếu ta coi độ phù hợp của các cá thể mang allele trội là 1, thì độ phù hợp của các thể đồng hợp lặn là 0,8. Hiệu số của các trị số độ phù hợp này chính là hệ số chọn lọc (s), và trong trường hợp này s = 1 − 0,8 = 0,2. Nếu như các kiểu gene có khả năng sống sót và sinh sản như nhau thì s = 0; nếu một kiểu gene nào đó gây chết hoặc làm bất thụ hoàn toàn thì s = 1. 1. Chọn lọc và đột biến Chọn lọc có xu hướng đào thải các allele có hại ra khỏi quần thể, trong khi đột biến có thể tạo ra các allele có hại mới. Quần thể sẽ giữ nguyên trạng thái phân bố các kiểu gene nếu như tần số đột biến mới xuất hiện vừa đúng bằng tần số allele bị chọn lọc đào thải. Sau đây ta thử xét sự cân bằng này trong trường hợp "Chọn lọc chống lại các đồng hợp tử lặn". Giả sử A là allele bình thường và a là allele có hại với tần số tương ứng của chúng là p và q. Khi đó độ phù hợp hay giá trị thích nghi của các kiểu gene AA, Aa và aa tương ứng là 1: 1: 1-s. Trong trường hợp này tốc độ đào thải allele a khỏi quần thể bởi chọn lọc sẽ là sq2. Nếu cho rằng tốc độ đột biến thuận (A → a) là u, thì tốc độ xuất hiện allele a mới trong quần
  7. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - thể là up. Vì p ≈ 1 (do tần số a rất thấp) nên có thể coi up ≈ u. Với cơ chế ngẫu phối, quần thể sẽ ở trạng thái cân bằng khi tốc độ xuất hiện đột biến mới bằng tốc độ đào thải, nghĩa là u = sq2, hay khi tần số allele lặn trong quần thể ở mức q = . Tương tự, đối với allele trội, u = sp hay p = u/s. Ví dụ: Tần số mắc bệnh PKU ở trẻ sơ sinh là khỏang 4 trên 100.000; do đó q2 = 4×10-5. Hiệu quả sinh sản của các bệnh nhân không được chữa trị là zero, hay s = 1. Khi đó u = sq2 = 4 ×10-5. Tần số allele này trong các quần thể người là q = = 6,3×10-3 và tần số của các thể dị hợp là: 2pq ≈ 2q = 2(6,3×10-3) = 1,26×10-2 Điều đó có nghĩa là, trong 100 người có khoảng 1,3 người mang allele đó, mặc dù có 4 trong 100.000 người mắc bệnh PKU. Tần số của allele này có mặt trong các thể dị hợp bằng một nửa của 1,26×10-2 hay 6,3×10-3; và tần số của allele đó ở các thể đồng hợp là 4 ×10-5. Do vậy các allele PKU có mặt trong các thể dị hợp nhiều hơn 6,3×10-3 / 4 ×10-5 = 158 lần so với các thể đồng hợp. Như đã nói từ đầu, các allele hiếm tồn tại trong quần thể hầu hết ở các thể dị hợp. 2. Ưu thế dị hợp tử Ưu thế dị hợp tử hay siêu trội (overdominance) là trường hợp chọn lọc ưu ái ủng hộ các thể dị hợp nhiều hơn cả hai dạng đồng hợp tử. Khi đó chọn lọc không loại thải allele nào. Ở mỗi thế hệ, các thể dị hợp sẽ sinh sản mạnh cho nhiều con cháu hơn các thể đồng hợp và chọn lọc sẽ giữ lại cả hai allele cho đến khi quần thể tạo được trạng thái cân bằng, với các tần số allele không thay đổi. Một ví dụ nổi bật về hiện tượng siêu trội trong các quần thể người là bệnh thiếu máu hồng cầu hình liềm, một bệnh phổ biến ở châu Phi và châu Á. Bệnh này có liên quan đến một dạng sốt rét do ký sinh trùng phổ biến gây ra là Plasmodium falciparum. Allele HbS gây chết trước tuổi trưởng thành ở những người đồng hợp tử HbSHbS. Tần số allele này có thể cao hơn 10% ở các vùng có sốt rét nói trên, bởi vì các thể dị hợp HbAHbS đề kháng được sự nhiễm sốt rét, trong khi các thể đồng hơp HbAHbA thì không có khả năng đó.
  8. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Di truyền học quần thể ( phần 2 ) Dòng gene hay sự di nhập cư Di-nhập cư (migration) hay dòng gene (gene flow) là sự di chuyển của các cá thể từ một quần thể này sang một quần thể khác, kéo theo việc đưa vào các allele nhập cư mới thông qua sự giao phối và sinh sản sau đó. Như vậy, dòng gene không làm thay đổi các tần số allele của cả loài, nhưng có thể làm biến đổi cục bộ (tần số allele so với nguyên lý H-W) khi tần số các allele của những cá thể di cư tới là khác với của các cá thể cư trú tại chỗ. Giả sử các cá thể từ các quần thể xung quanh di cư tới một quần thể địa phương ta nghiên cứu với tốc độ m mỗi thế hệ và giao phối với các cá thể cư trú ở đó. Và cũng giả sử rằng tần số allele A của quần thể nguồn gene nhập cư là P và của quần thể nghiên cứu là po. Khi đó, ở thế hệ thứ nhất sau nhập cư, tần số allele A của quần thể nghiên cứu sẽ là: p1 = (1 − m)po + mP = po − m(po − P) Sự biến đổi ∆p về tần số allele sau một thế hệ là: ∆p = p1 − po Thay trị số p1 thu được ở trên, ta có: ∆p = − m(po − P) Điều đó có nghĩa là, tỷ lệ các cá thể di cư càng lớn và sự chênh lệch giữa hai tần số allele càng lớn, thì đại lượng ∆p càng lớn. Lưu ý rằng ∆p = 0 chỉ khi hoặc m = 0 hoặc (po − P) = 0. Như vậy, trừ phi sự di cư dừng lại (m = 0) còn thì tần số allele sẽ tiếp tục biến đổi cho đến khi nó trở nên giống nhau giữa quần thể địa phương và quần thể phụ cận (po − P = 0). Sau thế hệ thứ nhất, hiệu số về tần số allele giữa hai quần thể trên là: p1 − P = po − m(po − P) − P = (1 − m)(po − P) Tương tự, sau thế hệ thứ hai, hiệu số về tần số allele đó sẽ là: 2 p2 − P = (1 − m) .(po − P) Và sau n thế hệ di cư, ta có: n pn − P = (1 − m) .(po − P)
  9. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Công thức này cho phép ta tính toán hiệu quả của n thế hệ di cư ở tốc độ m nào đó, nếu như biết được tần số các allele khởi đầu (po và P): n pn = (1 − m) .(po − P) + P Hoặc nếu như biết được tần số các allele khởi đầu (po và P), tần số allele của quần thể nghiên cứu tại một thời điểm nào đó (pn) cũng như số thế hệ n, ta có thể tính được tốc độ dòng gene (m). Ví dụ: Ở Mỹ (USA), những người có nguồn gốc hỗn chủng da trắng Capca (Caucasian) và da đen Châu Phi (African) được coi là thuộc quần thể người da đen. Sự pha tạp về chủng tộc có thể xem như là một quá trình của dòng gene từ quần thể Capca sang quần thể da đen. Tần số của allele Ro ở locus xác định các nhóm máu rhesus là P = 0,028 ở các quần thể Capca nước Mỹ. Trong số các quần thể Châu Phi mà từ đó các tổ tiên của người Mỹ da đen di cư đến, tần số allele Ro là 0,630. Tổ tiên Châu Phi của những người Mỹ da đen đã đến nước Mỹ cách đây khoảng 300 năm hay khoảng 10 thế hệ; nghĩa là n = 10. Tần số allele Ro trong số những người Mỹ hiện giờ là pn = 0,446. Bằng cách biến đổi lại phương trình trên, ta có: n (1 − m) = (pn − P) : (po − P) Thay các trị số đã cho, ta có: (1 − m)10 = (0,446 − 0,028) : (0,630 − 0,028) = 0,694 1 − m = = 0,964 Suy ra: m = 0,036 Như vậy, dòng gene chuyển từ những người Mỹ Capca vào trong quần thể người Mỹ da đen đã xảy ra ở tốc độ tương đương với trị số trung bình là 3,6% mỗi thế hệ. Những tính toán tương tự bằng cách sử dụng các tần số allele ở nhiều locus khác cho các kết quả hơi khác một chút. Hơn nữa, mức độ pha tạp hỗn chủng có thể khác nhau ở các vùng khác nhau của nước Mỹ; nhưng rõ ràng là sự trao đổi gene đáng kể đã xảy ra (Ayala và Kiger 1980, tr.644; Hartl et al 1988, tr.214).
  10. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Biến động di truyền ngẫu nhiên tác động lên thành phần di truyền của quần thể Biến động di truyền ngẫu nhiên (genetic random drift), hay nói gọn là biến động di truyền, đó là những sự biến đổi ngẫu nhiên vô hướng về tần số allele trong tất cả các quần thể, nhưng đặc biệt là ở các quần thể nhỏ. Biến động di truyền là một quá trình thuần túy ngẫu nhiên, mang tính xác suất và tỷ lệ nghịch với kích thước quần thể. Trong một quần thể lớn, thông thường biến động di truyền chỉ gây ra một sự thay đổi ngẫu nhiên nhỏ. Nhưng trong các quần thể nhỏ, nó có thể gây ra những sự biến động lớn về tần số allele qua các thế hệ khác nhau. Chính hiện tượng này là nguyên nhân tạo nên sự khác biệt đa dạng về mặt di truyền ở các quần thể nhỏ và dần dần dẫn tới sự cách ly sinh sản trong quá trình tiến hóa của loài. Và sự biến động di truyền có thể là nguyên nhân làm cho mức dị hợp tử thấp quan sát được ở một số loài có nguy cơ bị diệt vong. Tác động của đột biến lên thành phần di truyền của quần thể Đột biến (mutation) có nhiều loại khác nhau như đã được trình bày ở các chương 3 và 8; ở đây chúng ta chỉ đề cập đến vai trò, tính chất và áp lực của các đột biến gene tự phát đối với quá trình tiến hóa và chọn lọc. Phần lớn đột biến mới xuất hiện có hại cho cơ thể Đột biến là nguồn cung cấp chủ yếu các biến dị di truyền mới trong một quần thể-loài, vì vậy nó được xem là một quá trình quan trọng đặc biệt trong di truyền học quần thể. Nói chung, phần lớn đột biến mới xuất hiện là có hại, một số đột biến là trung tính và chỉ một số ít là có lợi cho bản thân sinh vật. Theo thuyết trung tính (Kimura 1983), đại đa số các biến đổi tiến hóa ở cấp độ phân tử được gây nên không phải bằng chọn lọc Darwin mà bằng sự cố định ngẫu nhiên các thể đột biến trung tính hoặc hầu như trung tính về mặt chọn lọc; áp lực đột biến và biến động di truyền ngẫu nhiên chiếm ưu thế trong sự biến đổi tiến hóa ở cấp độ phân tử. Để xét xem hiệu quả của đột biến lên sự biến đổi di truyền trong một quần thể, ta xét hai allele A (kiểu dại) và a (gây hại) với tần số ban đầu tương ứng là p và q; gọi u là tỷ lệ đột biến thuận từ A thành a cho một giao tử mỗi thế hệ, và v là tỷ lệ đột biến nghịch từ a thành A. Các allele A do đột biến thuận thành a đã làm tăng tần số của allele a lên một lượng là up, trong khi đó tần số alllele a do đột biến nghịch có thể bị giảm đi một lượng là vq. Như vậy, nhìn toàn cục thì sau mỗi thế hệ sự biến đổi trong tần số của allele a (∆q) do đột biến là:
  11. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - ∆q = up − vq Trị số dương cực đại cho sự biến đổi này là u, khi p = 1 và q = 0 (nghĩa là tất cả các allele đều là kiểu dại). Trị số âm cực đại là v, khi p = 0 và q = 1. Tuy nhiên do các tỷ lệ đột biến u và v nói chung là nhỏ, nên sự biến đổi được kỳ vọng do đột biến cũng rất nhỏ. Chẳng hạn, nếu ta cho u = 10-5, v = 10-6 và q = 0,0, lúc đó: ∆q = (0,00001)(1,0) − (0,000001)(0,0) = 0,00001 Mặc dù đột biến chỉ gây một hiệu quả nhỏ trong tần số allele ở mỗi thế hệ, nhưng nó lại có tầm quan trọng căn bản trong việc xác định mức độ gây ra các bệnh di truyền hiếm. Trên thực tế, sự cân bằng giữa đột biến (làm tăng tần số của allele bệnh) và chọn lọc (làm giảm tần số của allele bệnh) có thể lý giải mức độ quan sát được của các bệnh như bạch tạng chẳng hạn. Ngoài ra, đột biến cùng với sự biến động di truyền ngẫu nhiên cho phép giải thích hợp lý cho số lượng lớn các biến đổi phân tử quan sát được gần đây ở nhiều loài (xem Kimura 1983). Tính toán hệ số nội phối Có hai cách ước tính hệ số nội phối, đó là dựa vào các tần số kiểu gene hoặc là dựa vào các phả hệ. Với phương pháp thứ nhất, ta ước tính hệ số nội phối trong một quần thể tự nhiên bằng cách sử dụng biểu thức về tần số các thể dị hợp đã cho ở trên. Qua đó ta có thể tìm ra biểu thức cho F như sau: H = 2pq – 2Fpq = (1 – F)2pq 1 – F = H/2pq Suy ra F = 1 – (H/2pq) Từ phương trình trên cho thấy hệ số nội phối (F) là một hàm của tỷ số giữa mức dị hợp tử quan sát được (H) và mức dị hợp tử kỳ vọng (2pq). Trường hợp có nội phối, H nhỏ hơn 2pq, vì vậy F > 0. Nếu như không có thể dị hợp nào cả (H = 0), thì hệ số nội phối bằng 1. Nhều loài thực vật có hệ thống giao phối bao gồm cả tự thụ phấn và giao phấn tự do với các cá thể khác. Nếu như tỷ lệ tự thụ phấn cao, thì hầu như tất cả các cá thể trong quần thể là các thể đồng hợp. Ví dụ, một quần thể thực vật gồm ba kiểu gene AA, Aa và aa với các tần số tương ứng là P = 0,70, H = 0,04 và Q = 0,26. Ta có thể ước tính hệ số nội phối như sau :
  12. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Trước tiên, tính được các tần số allele A và a (p và q ): p = 0,70 + ½ (0,04) = 0,72 và q = 1 – p = 0,28 Vậy hệ số nội phối F = 1 – ( 0,04/2 x 0,72 x 0,28 ) = 0,901 Trị số F ở đây rất cao, gợi ý rằng hầu hết quần thể này sinh sản bằng tự thụ phấn và chỉ một số rất nhỏ là tạp giao. · Phương pháp thứ hai để thu nhận hệ số nội phối cho đời con là từ một phả hệ trong đó có xảy ra sự giao phối cận huyết (consanguineous mating). Trong trường hợp này ta sử dụng một phả hệ để tính xác xuất của các tổ hợp chứa các allele giống nhau về nguồn gốc ở đời con. Ví dụ, ta hãy tính hệ số nội phối cho một đời con của hai anh chị em bán đồng huyết (half-sibs), tức các cá thể sinh ra từ cùng một bố (hoặc mẹ). Hình 1a cho phả hệ về kiểu giao phối này, trong đó X và Y là hai anh em có cùng mẹ nhưng khác cha. Người mẹ của X và Y được biểu thị là tổ tiên chung (CA = common ancestor). Còn hai người cha không góp phần vào hệ số nội phối được biểu diễn bằng các hình vuông trắng. Ở hình 1b, cùng một phả hệ như thế nhưng biểu diễn theo một cách khác, bỏ qua các ký hiệu cha mẹ còn các dấu quả trám biểu thị cho tất cả các cá thể, vì giới tính không quan trọng trong việc xác định hệ số nội phối ở đây. Các mũi tên trên hình vẽ chỉ hướng truyền từ bố mẹ đến con cái. Hình 1 Phả hệ minh họa sự kết hôn giữa hai anh em bán đồng huyết, X và Y. (a) với tất cả các cá thể; (b) không có bố. Ở đây CA = tổ tiên chung, và đường kẻ đôi chỉ sự giao phối cận huyết. Giả sử người mẹ (CA) có kiểu gene là Aa. Để tính hệ số nội phối, ta cần phải biết xác suất mà đứa cháu của bà, Z, có kiểu gene AA hoặc aa, là giống nhau về nguồn gốc đối với một trong hai allele của bà. Trước tiên ta xét Z là AA, chỉ có thể xảy ra nếu như mỗi bên X và Y đều đóng góp vào Z một giao tử chứa A. Xác suất của allele A trong X là xác suất mà một allele A đến từ CA, hay ½. Vì xác suất truyền đạt allele A từ X sang Z cũng là ½, nên xác suất kết hợp của hai sự kiện này là ½ x ½ = ¼ (qui tắc nhân xác suất). Tương tự, xác suất để Z nhận được allele A từ Y là ¼.
  13. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Vì vậy xác suất của một đứa con AA nhận được allele A từ mỗi bên X và Y là ¼ x ¼ = 1/16 hay 0,0625. Bằng phương pháp này ta tính được xác suất của một đứa con có kiểu gene aa là 1/16. Như vậy xác suất toàn bộ các tổ hợp có chứa các allele giống nhau về nguồn gốc ở Z lúc đó là 1/16 + 1/16 = 1/8 hay 0,125 (qui tắc cộng xác suất ). Để đơn giản, trong tính toán hệ số nội phối từ một phả hệ người ta đã đề xuất một phương pháp gọi là kỹ thuật đếm chuỗi (chain-counting technique). Một chuỗi đối với một tổ tiên chung cho trước bắt đầu với một bố mẹ của cá thể nội phối, ngược trở lên phả hệ cho đến tổ tiên chung, và trở lại với bố mẹ đó. Ví dụ, từ hình 12.1 ta lập được chuỗi đơn giản X-CA-Y. Số cá thể trong chuỗi (n) được dùng để tính hệ số nội phối n trong công thức sau đây: F = (1/2) . Với ví dụ trên, hệ số nội phối là (1/2)3 = 0,125.
  14. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Di truyền học quần thể ( phần 3 ) Hệ số nội phối Để mô tả hiệu quả của nội phối lên các tần số kiểu gene nói chung, ta sử dụng phép đo gọi là hệ số nội phối (F). Trị số này được định nghĩa là xác xuất mà hai allele tại một locus trong một cá thể là giống nhau về nguồn gốc (các allele được coi là giống nhau về nguồn gốc khi hai allele đó trong một cơ thể lưỡng bội bắt nguồn từ một allele cụ thể của tổ tiên). Tính chất của hệ số nội phối (F): + Trị số F chạy từ 0 dến 1 . + F = 1 khi tất cả các kiểu gene trong quần thể là đồng hợp chứa các allele giống nhau về nguồn gốc. + F = 0 khi không có các allele giống nhau về nguồn gốc. + Trong một quần thể ngẫu phối có kých thước lớn, F được coi là gần bằng 0, bởi vì bất kỳ sự nội phối nào cũng có thể xảy ra giữa các cá thể họ hàng rất xa và vì vậy sẽ có tác dụng nhỏ lên hệ số nội phối . Giả sử rằng quần thể gồm ba kiểu gene AA, Aa và aa được phân tách thành một tỷ lệ nội phối (F) và một tỷ lệ ngẫu phối (1 - F). Trong quần thể nội phối, tần số của AA, Aa, và aa tương ứng là p , 0, và q. Đây là tỷ lệ của các dòng được kỳ vọng đối với mỗi kiểu gene, nếu như sự tự thụ tinh hoàn toàn diễn ra liên tục. Bằng cách cộng các tỷ lệ nội phối và ngẫu phối với nhau và sử dụng mối quan hệ q = 1 – p, lúc đó tần số các kiểu gene trở thành như sau (xem bảng 1): P = p2 + Fpq H = 2pq – 2Fpq Q = q2 + Fpq Trong mỗi phương trình trên, số hạng đầu là tỷ lệ H-W của các kiểu gene và số hạng sau là độ lệch so với trị số đó. Lưu ý rằng các cá thể đồng hợp, ví dụ AA, có thể hoặc là do hai allele giống nhau về nguồn gốc, nghĩa là bắt nguồn từ cùng một allele tổ tiên (số hạng Fpq) hoặc là do hai allele giống nhau về loại sinh ra qua ngẫu phối (số hạng p2). Độ lớn của hệ số nội phối phản ánh độ lệch của các kiểu gene so với các tỷ lệ H-W; nghĩa
  15. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - là, lúc F = 0 thì các hợp tử đạt tỷ lệ H-W, và khi F > 0 do có nội phối, thì xảy ra sự giảm thiểu các thể dị hợp và dôi thừa các thể đồng hợp. Bảng 1 Tần số của các kiểu gene khác nhau khi trong quần thể xảy ra cả nội phối lẫn ngẫu phối Kiểu gene Nội phối (F) Ngẫu phối (1 – F) Tổng AA Fp (1 – F)p2 Fp + (1 – F )p2 = p2 + Fpq Aa - (1 – F)2pq 1 – F)2pq = 2pq – 2Fpq aa Fq (1 – F)q2 Fq + (1 – F)q2 = q2 + Fpq F 1 – F 1 1 Tự thụ tinh Kiểu cực đoan nhất của nội phối là sự tự thụ tinh, trong đó hạt phấn và noãn (hay tinh trùng và trứng) được sinh ra trên cùng một cá thể. Hình thức sinh sản này phổ biến ở một số nhóm thực vật. Trong trường hợp tự thụ tinh hoàn toàn, một quần thể được phân thành nhiều dòng nội phối mau chóng trở nên đồng hợp cao độ. Đó là trường hợp các dòng đậu thuần chủng được sử dụng bởi Mendel. Bảng 1 Sự biến đổi tần số kiểu gene trong một quần thể khởi đầu với chỉ những thể dị hợp tự thụ tinh hoàn toàn qua nhiều thế hệ Tần số kiểu gene Tần số allele Hệ số nội phối Thế hệ AA Aa aa a (F)___ 0 0 1 0 0,5 0 1 1/4 1/2 1/4 0,5 1/2 2 3/8 1/4 3/8 0,5 3/4
  16. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - n 1/2n 0,5 1-1/2n ∞ 1/2 0 1/2 0,5 1 Để minh họa cho điều này, ta giả sử ở thế hệ bố mẹ có ba kiểu gene AA, Aa và aa với tần số tương ứng là P, H và Q. Khi sự tự thụ phấn là hoàn toàn, các kiểu gene AA và aa sinh ra đời con tương ứng toàn là AA và aa; còn kiểu gene Aa theo quy luật phân ly Mendel sẽ cho đời con gồm một nửa là Aa và nửa kia phân đồng đều cho hai kiểu đồng hợp, AA và aa. Khi đó tần số của các kiểu gene AA, Aa và aa ở thế hệ con tương ứng là: (P + ¼H), (½H) và (Q + ¼H). Như vậy, sau một thế hệ tự thụ tinh hoàn toàn, tần số thể dị hợp giảm đi một nửa so với bố mẹ, trong khi tần số của hai kiểu đồng hợp tăng lên. Để hiểu rõ sự nội phối làm thay đổi các tỷ lệ kiểu gene ra sao, ta hãy xét quần thể ban đầu gồm chỉ những thể dị hợp Aa khi tự thụ tinh hoàn toàn qua nhiều thế hệ (bảng 12.6). Vì cứ sau mỗi thế hệ mức dị hợp tử lại giảm đi một nửa so với thế hệ trước nó, nên ở thế hệ thứ n mức dị hợp bằng n n (½) của trị số ban đầu: Hn = (½ )H0, trong đó H0 và Hn là tỷ lệ thể dị hợp ở thế hệ ban đầu và thế hệ thứ n. Và tỷ lệ mỗi kiểu đồng hợp là (1-½n)/2. Khi n tiến đến vô hạn thì thành phần dị hợp bị triệt tiêu và chỉ còn lại hai thành phần đồng hợp với tần số là ½ . Lúc này, tần số mỗi kiểu gene bằng tần số allele. Một điểm quan trọng của nội phối là ở chỗ, mặc dù các tần số kiểu gene có thể bị thay đổi nhiều, nhưng các tần số allele vẫn được giữ nguyên không đổi qua các thế hệ. Bạn có thể tự chứng minh điều này? Mở rộng nguyên lý Hardy-Weinberg : Các gene liên kết trên X Trong trường hợp các gene liên kết với giới tính, tình hình trở nên phức tạp hơn rất nhiều. Ở giới đồng giao tử, mối quan hệ giữa tần số allele và tần số kiểu gene tương tự như một gene autosome(gen trên NST thường), nhưng ở giới dị giao tử chỉ có hai kiểu gene và mỗi cá thể chỉ mang một allele. Để cho tiện, ta xét trư giới dị giao tử là giới đực. Bây giờ ta xét hai allele A1 và A2 với tần số tương ứng là p và q, và đặt các tần số kiểu gene như sau: Giới cái Giới đực Kiểu gene: A1A1 A1A2 A2A2 A1 A2
  17. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Tần số : P H Q R S Theo nguyên tắc, ta xác định được tần số của một allele (ví dụ A1): - ở giới cái (pc): pc = P + ½H - ở giới đực (pđ): pđ = R - chung cả quần thể ( ): = ⅔ pc + ⅓ pđ = 1/3 (2pc + pđ) = 1/3 (2P + H + R) Lưu ý: Mỗi con cái có hai nhiễm sắc thể X và mỗi con đực chỉ có một X; vì tỉ lệ đực : cái trên nguyên tắc là 1:1, cho nên 2/3 các gene liên kết giới tính trong quần thể là thuộc về giới cái và 1/3 thuộc về giới đực. Vì vậy, tần số của các allele A1 trong cả quần thể là: = ⅔ pc + ⅓ pđ. Rõ ràng là các tần số allele ở hai phần đực và cái là khác nhau, do đó quần thể không ở trạng thái cân bằng. Trong khi tần số allele trong cả quần thể không thay đổi qua các thế hệ, nhưng sự phân phối các allele giữa hai giới có sự dao động khi quần thể tiến dần đến sự cân bằng. Điều này được chứng minh như sau. Theo quy luật liên kết gene trên X, các con đực nhận các gene liên kết giới tính chỉ từ các cơ thể mẹ, vì vậy pđ ở thế hệ con bằng với pc ở thế hệ trước; các con cái nhận các gene liên kết giới tính đồng đều từ cả hai bố mẹ, vì vậy pc ở thế hệ con bằng trung bình cộng của pđ và pc ở thế hệ trước. Nếu dùng dấu phẩy trên đầu để chỉ tần số allele thế hệ con, ta có: p’đ = pc p’c = ½(pc + pđ) Từ đây xác định được mức chênh lệch hay là hiệu số giữa các tần số allele của hai giới: p’c – p’đ = ½(pđ + pc) - pc = – ½(pc - pđ) Nghĩa là, hiệu số của các tần số allele giữa hai giới ở thế hệ con bằng một nửa hiệu số của các tần số allele giữa hai giới ở thế hệ bố mẹ của nó, nhưng ngược dấu. Như vậy, sự phân bố các allele giữa hai giới có sự giao động theo quy luật sau: Cứ sau một thế hệ, mức chênh lệch đó giảm đi một nửa và như thế quần thể tiến dần đến trạng thái cân bằng cho đến khi các tần số gene ở hai giới là cân bằng nhau, nghĩa là pc = pđ = . Ví dụ: Theo kết quả một mẫu nghiên cứu trên mèo ở Luân Đôn (Searle, 1949; trong Falconer 1989) cho thấy trong số 338 mèo cái có 277 con lông đen (BB), 54 con thể khảm (BO) và 7 con lông da cam (OO), và trong số 353 mèo đực có 311 đen (B) và 42 da cam (O). Tính trạng này
  18. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - tuân theo quy luật di truyền kiên kết với giới tính như đã đề cập trước đây. Để kiểm tra xem quần thể có ở trạng thái cân bằng hay không, trước tiên ta hãy xem liệu có bằng chứng nào về sự giao phối ngẫu nhiên? Phép thử đầu tiên là xem tần số allele ở hai giới có giống nhau không. Tính toán cụ thể cho thấy các tần số gene ở hai giới khác nhau không đáng kể. - Ở giới cái: f(B) = pc = (2 x 277 ) + 54/( 2 x 338 ) = 0,8994 f(O) = qc = (2 x 7 ) + 54/( 2 x 338 ) = 0,1006 - Ở giới đực: pđ = 311/353 = 0,881 qđ = 42/353 = 0,119. Từ tần số các allele ở giới cái, ta tính được số cá thể kỳ vọng của mỗi kiểu gene ở giới này như sau: Số cá thể Kiểu gene Tổng BB BO OO Quan sát 277 54 7 338 Kỳ vọng 273,2 61,2 3,4 338 2 (Khi) χ (1) = 4,6 P = 0,04 Kết quả cho thấy các số liệu quan sát không phù hợp lắm với số kỳ vọng mà chủ yếu là các số liệu thấp (kiểu BO và OO). Nếu vậy thì sự không nhất quán đó có thể là do giao phối ngẫu nhiên, nhưng cũng có thể do thị hiếu của con người thiên về các màu sắc đã làm sai lệch mẫu, không đại diện được cho quần thể. Qua sự phân tích này cùng với sự sai khác chút ít về tần số gene giữa hai giới đã nói ở trên, chúng ta chẳng có lý do gì để nghĩ rằng quần thể này không ở trạng thái cân bằng.
  19. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Di truyền học quần thể ( phần 4 ) Mở rộng nguyên lý Hardy-Weinberg :Tần số allele sai biệt giữa hai giới tính Trên thực tế, các tần số allele nhiễm sắc thể thường ở hai giới tính có thể khác nhau. Chẳng hạn, trong chăn nuôi gia súc - gia cầm tuỳ theo mục tiêu kinh tế là lấy sữa, thịt hoặc trứng mà tương quan số lượng cá thể đực-cái sẽ khác nhau. Khi đó việc áp dụng nguyên lý H-W sẽ như thế nào? Để xét quần thể này, ta sử dụng ký hiệu và giả thiết sau : Allele Tần số Giới đực Giới cái A1 p’ p” A2 q’ q” Tổng 1 1 Bằng cách lập bảng tổ hợp của các giao tử, ta xác định được cấu trúc di truyền của quần thể sau một thế hệ ngẫu phối: (p’A1 : q’A2)(p’’A1 : q’’A2) = p’p’’A1A1 : (p’q’’+ p’’q’) A1A2 : q’q’’A2A2 Rõ ràng là nó không thỏa mãn công thức H-W. Bây giờ đến lượt tần số các allele của quần thể này là như sau: f(A1) = p’p’’+ ½ (p’q’’+ p’’q’) Thay giá trị q’’= 1 – p’’, ta có: f(A1) = ½ (p’ + p”) Tương tự: f(A2) = ½ (q’ +q”) Đặt f(A1) = p và f(A2) = q , khi đó cấu trúc di truyền quần thể ở thế hệ tiếp 2 2 theo sẽ thoả mãn công thức H-W: p A1A1 : 2pqA1A2 : q A2A2. Điều đó chứng tỏ rằng, nếu như các tần số allele (autosome) khởi đầu là khác nhau ở hai giới, thì chúng sẽ được san bằng chỉ sau một thế hệ ngẫu phối và quần thể đạt trạng thái cân bằng sau hai thế hệ.
  20. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Ví dụ: Một quần thể khởi đầu có tần số các allele A và a ở hai giới như sau: p’ = 0,8; q’= 0,2; p” = 0,4; và q” = 0,6. Nếu như ngẫu phối xảy ra, thì ở thế hệ thứ nhất có tần số các kiểu gene là: 0,32AA : 0,56Aa : 0,12aa. Và tần số cân bằng của mỗi allele lúc đó như sau: p = ½ (0,8 + 0.4) = 0,32 + ½ (0,56) = 0,6 q = ½ (0,2 + 0,6) = 0,12 + ½ (0,56) = 0,4 Ở thế hệ thứ hai, quần thể đạt cân bằng với các tần số H-W là: 0,36AA : 0,48Aa : 0,16aa Mở rộng nguyên lý Hardy-Weinberg : Đa allele Với quần thể ngẫu phối như đã nói ở trước, ở đây ta chỉ thay giả thiết một locus A có ba allele: A1, A2 và A3 với tần số tương ứng là p1, p2 và p3 (p1 + p2 + p3 = 1). Khi đó trong quần thể có tất cả sáu kiểu gene với số lượng cá thể tương ứng như sau : Kiểu gene : A1A1 : A2A2 : A3A3 : A1A2 : A1A3 : A2A3 Tổng Số lượng : N11 : N22 : N33 : N12 : N13 : N23 N Theo nguyên tắc, ta tính được các tần số allele: p1 = N11 + ½ (N12 + N13) p2 = N22 + ½ (N12 + N23) p3 = N33 + ½ (N13 + N33) Bằng cách lập bảng tổ hợp ngẫu nhiên của các giao tử và tần số của chúng, hoặc bằng cách khai triển bình phương của một tam thức ta tính được các tần số cân bằng H-W chỉ sau một thế hệ ngẫu phối như sau: 2 2 2 2 (p1 + p2 + p3) = p1 + p2 + p3 + 2p1p2 + 2p1p3 + 2p2p3 = 1 Tổng quát, một locus có n allele sẽ có tất cả n(n + 1)/ 2 kiểu gene, trong đó gồm n kiểu đồng hợp và n(n – 1)/2 kiểu dị hợp. Tần của một allele bất kỳ (pi) được tính theo công thức: pi = pii + ½
  21. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - trong đó pii - tần số kiểu gene đồng hợp và pij- tần số kiểu gene dị hợp. Ví dụ: Thông thường hệ nhóm máu ABO được lấy ví dụ cho ba allele. Vì các allele IA vàIB là đồng trội và allele IO là lặn, nên trong quần thể người bất kỳ nào cũng sẽ có bốn nhóm máu A, B, AB và O ứng với sáu kiểu gene. Để tính các tần số allele trong trường hợp này ta phải giả định quần thể ở trạng thái cân bằng. Đặt tần số của các allele IA, IB và IO lần lượt là p, q và r (p + q + r =1). Khi đó ta tính được tần số H-W của các nhóm máu chính là các tần số quan sát được (bảng 1). Phương pháp tính các tần số allele như sau: Trước tiên, tần số allele IO (r) bằng các căn bậc hai của tần số nhóm máu O (r2). Tần số của hai allele còn lại, p và q, được tính bằng cách kết hợp tần số H-W của một nhóm máu A hoặc B với nhóm máu O theo một trong hai phương pháp sau: Phương pháp 1 Phương pháp 2 Ta có f(A+0) = p2 +2pr + r2 = (p Vì p +q +r = 1 Þ q +r = 1 – p + r)2 Bình phương 2 vế ta được: p+r = (1 – p)2 = (q + r)2 = f (B + O) => p = − r 1 – p = Tương tự, ta có : => p = 1 − q = − r Tương tự, ta có: q = 1 − Một cách tương đối, ta có thể tính p hoặc q rồi suy ra cái còn lại dựa vào tổng p + q + r =1. Tuy nhiên, nếu tính cẩn thận cả ba tần số theo một trong hai phương pháp trên ta sẽ biết được trị số thực của chúng. Khi đó tổng các tần số allele tính dược sẽ không đúng bằng đơn vị một cách chính xác. Điều này được lý giải là do tỷ lệ các kiểu gene trong mẫu không phải là các tỷ lệ H-W chính xác và hơn nữa, nhóm máu AB đã không được sử dụng trong tính toán. Vì vậy, khi kiểu hình không được sử dụng đến (ở đây là nhóm máu AB) mà có tần số cao hơn thì sự mất mát thông tin sẽ nghiêm trọng hơn, và phải cần đến một phương pháp chính xác hơn. Bảng 1 Tương quan giữa các nhóm máu, kiểu gene và tần số của chúng
  22. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Nhóm máu Kiểu Tần số gene Kỳ vọng Quan sát A IAIA + IAIO p2 + 2pr 0,41716 B IBIB + IBIO q2 + 2qr 0,08560 O IOIO r2 0,46684 AB IAIB 2pq 0,03040 Tổng 1 1,0 Bây giờ ta hãy xét một mẩu nghiên cứu trên 190.177 phi công vương quốc Anh (UK) gồm 79.334 A, 16.279 B, 88.782 O, và 5.782 AB ( Race và Sanger, 1954; dẫn theo Falconer 1989). Tương quan giữa các nhóm máu, kiểu gene và các tần số của chúng được trình bày ở bảng 1. Áp dụng hai phương pháp trên ta tính được các tần số allele như sau: Allele Tần số Phương pháp 1 Phương pháp 2 IA 0,2569 0,2567 IB 0,0600 0,0598 IO 0,6833 0,6833 Tổng 1,0002 0,9998 Những ứng dụng của nguyên lý Hardy-Weinberg 1. Xác định tần số của allele lặn Trong trường hợp trội hoàn toàn, ta không thể phân biệt các thể dị hợp với thể đồng hợp trội. Vì vậy, trên nguyên tắc, ta không thể tính được các tần số allele. Tuy nhiên, có thể giả định các tần số kiểu gene ở dạng cân bằng, qua đó tính được tần số allele lặn và dự đoán tần số của các kiểu gene trong quần thể. Chẳng hạn, bạch tạng (albinism) ở người là tính trạng lặn tương đối hiếm gặp. Nếu như ký hiệu A cho allele xác định sắc tố bình thường và a cho
  23. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - allele bạch tạng, kiểu gene của người bị bạch tạng là aa, trong khi những người bình thường thì hoặc là AA hoặc là Aa. Giả sử trong một quần thể người tần số của những người bị bạch tạng là 1/10.000. Theo nguyên lý H-W, tần số của thể đồng hợp lặn là q2 = 0,0001 nên q = = = 0,01. Do đó tần số của allele A là: p = 1- 0,01 = 0,99 (vì p + q = 1). Từ đây xác định được tần số của hai kiểu gene còn lại: f(AA) = p2 = (0,99)2 = 0,9801 (hay ~98%) f(Aa) = 2pq = 2(0,99)(0,01) = 0,0198 (hay ~ 2%) Lưu ý trong trường hợp tần số allele lặn là rất thấp, nghĩa là kích thước mẫu lớn, ta cần phải lấy số thập phân đầy đủ để đảm bảo chính xác cho các kết quả tính toán sau cùng. 2. Xác định tần số của các "thể mang" (carrier) Một điều lý thú của nguyên lý H-W là ở chỗ, các allele hiếm nói chung là các allele lặn gây bệnh trong quần thể thường ẩn tàng trong các thể dị hợp (gọi là “thể mang”) và ta có thể tính được tần số của chúng nếu như biết được tần số allele. Nếu cho rằng có sự cân bằng H-W thì tần số của các thể mang allele bệnh lặn trong quần thể được ước tính là H = 2q(1-q). Và tần số của các thể dị hợp trong số những cá thể bình thường, ký hiệu H’, là tỷ số f(Aa)/ f(AA+Aa), trong đó a là allele lặn với tần số q. Khi đó: H’ = = = Ví dụ: Với trường hợp bạch tạng nói trên, tần số của aa là 0,0001 thì tần số của những người dị hợp (Aa) là 0,02 , nghĩa là trong 50 người có một người mang allele bạch tạng. Đây là một tỷ lệ rất cao! Mặt khác, tần số allele a ở những người dị hợp là 0,02: 2 = 0,01 trong khi ở những người bạch tạng là 0,0001, như vậy allele a ở những người dị hợp có nhiều hơn ở những người bạch tạng khoảng 100 lần (0,01 : 0,0001 = 100 ). Tổng quát, nếu tần số của một allele lặn trong quần thể là q, thì sẽ có pq allele lặn trong các thể dị hợp và q2 allele lặn trong các thể đồng hợp. Tỷ số ấy là pq/q2 = p/q, và nếu như q rất bé thì tỷ số đó sẽ xấp xỉ 1/q. Như vậy, khi tần số của một allele lặn càng thấp bao nhiêu, thì tỷ lệ của allele đó trong các thể dị hợp càng cao bấy nhiêu.
  24. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Tương tự, có thể lấy nhiều ví dụ về các allele lặn gây bệnh ở ngừơi. Điển hình là bệnh rối loạn chuyển hoá có tên là phenylxetôn-niệu (phenylketonuria = PKU) do một allele lặn đơn, có thể phát hiện sớm vài ngày sau sinh. Một kết quả điều tra ở Birmingham trong hơn ba năm cho thấy có 5 trường hợp bị bệnh trong số 55.715 bé (Raine và cs 1972). Tần số các thể đồng hợp lặn xấp xỉ 1/11.000 hay 90 x 10-6. Tần số allele lặn là q = = 0,0095. Tần số các thể dị hợp trong cả quần thể (H = 2pq) và trong số các thể bình thường (H’= 2q/1+q) đều xấp xỉ bằng 0,019. Như vậy khoảng 2% số người bình thường là có mang mầm bệnh PKU. Các kết quả này thật đáng ngạc nhiên: bằng cách nào các thể dị hợp về allele lặn lại phổ biến đến như vậy, trong khi tần số bệnh thực tế là quá thấp! Đến đây ta có thể khẳng định rằng: Nếu như ai đó có ý tưởng muốn loại bỏ một allele lặn hiếm gây bệnh nào đó ra khỏi quần thể hòng “cải thiện chủng tộc” chẳng hạn, quả là không tưởng! Thật vậy, nếu gọi t là số thế hệ cần thiết để biến đổi tần số allele ban đầu là q0 xuống còn qt ở thế hệ thứ t, ta có t =1/qt -1/q0. Giả sử q0 = 0,01, muốn giảm xuống còn 0,001 phải cần tới 900 thế hệ; tương tự, để giảm tần số xuống còn 0,0001 phải cần đến 9.900 thế hệ. Thử tưởng tượng ở người một thế hệ trung bình là 30 năm, thời gian ấy lớn đến dường nào (9.900 x 30 = 297.000 năm)! 3. Khảo sát trạng thái cân bằng của quần thể Từ nguyên lý H-W và các hệ quả rút ra được ở trên cho phép ta vận dụng để xác định xem cấu trúc di truyền của một quần thể có ở trạng thái cân bằng H-W hay không. Dưới đây chỉ lược trình vài phương pháp tổng quát đối với một quần thể ngẫu phối (Hoàng Trọng Phán 2001), với các giả thiết và ký hiệu đã được đề cập. Trước tiên, cần nắm vững nguyên tắc này trong suy luận: Theo nguyên lý H-W, các tần số kiểu gene ở đời con được xác định nhờ tần số allele ở bố mẹ chúng. Nếu quần thể ớ trạng thái cân bằng, tần số các allele sẽ như nhau ở cả hai thế hệ, vì vậy tần số allele quan sát được ở đời con có thể dùng y như thể nó là tần số allele đời bố mẹ để tính các tần số kiểu gene kỳ vọng theo nguyên lý H-W. Như vậy, về nguyên tắc, một quần thể được coi là ở trạng thái cân bằng nếu như nó thỏa mãn một trong những khả năng sau đây; ngược lại, quần thể không ở trạng thái cân bằng. (1) Các tần số kiểu gene quan sát được (P, H và Q) phải xấp xỉ bằng các tần số kỳ vọng tương ứng (p2, 2pq và q2), nghĩa là thành phần di truyền của quần thể phải thoả mãn công thức H-W.
  25. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Về mặt số lượng, quần thể được coi là ở trạng thái cân bằng nếu như có sự phù hợp sít sao giữa các con số quan sát và kỳ vọng đối với mỗi kiểu 2 2 gene, nghĩa là: N11 p N ; N12 2pqN; và N22 q N. (2) Tần số thể dị hợp quan sát phải xấp xỉ bằng tần số kỳ vọng (H2pq), nghĩa là: p.q ½H hay P.Q (½H)2 (3) Tần số của mỗi kiểu gene quan sát được giữa hai thế hệ liên tiếp là tương đương nhau. Nếu ta gọi tần số của các kiểu gene A1A1, A1A2 và A2A2 tương ứng ở thế hệ thứ nhất là P1, H1và Q1 và ở thế hệ thứ hai là P2, H2 và Q2, lúc đó: P1 P2 ; H1 H2; và Q1 Q2. (4) Đối với trường hợp khảo sát cân bằng H-W hoặc giao phối ngẫu nhiên dựa trên tần số giao phối hoặc số lượng cặp giao phối của các kiểu giao phối khác nhau, ta có thể so sánh như sau: Kiểu giao Tần số Số lượng phối Quan sát Kỳ vọng Quan sát Kỳ vọng 2 2 2 2 2 2 A1A1 x A1A1 P p .p P .N/2 p .p .N/2 A1A1 x A1A2 2PH 2P.H.N/2 2(p2)(2pq) 2(p2)(2pq)N/2 2 A1A1 x A2A2 2(p )(2pq) 2P.Q.N/2 2 2 A1A2 x A1A2 2PQ 2(p )(q )N/2 2(p2)(q2) 2(p2)(q2) 2 A1A2 x A2A2 H .N/2 H2 (2pq)(2pq)N/2 A2A2 x A2A2 (2pq)(2pq) (2pq)(2pq) 2Q.H.N/2 2(2pq)(q2)N/2 2QH 2 2 2 2(2pq)(q2) Q .N/2 q .q .N/2 2(2pq)(q2) Q2 q2.q2 q2.q2 Tổng 1 N/2 N/2 1 1 (5) Phương pháp “Khi-bình phương” (Chi-square method) Khi so sánh giữa các số liệu quan sát và kỳ vọng thường có thể có sự sai lệch không đáng kể hoặc đáng kể. Vì ranh giới phân định giữa chúng là không rõ ràng khiến ta khó mà khẳng định quần thể ở trạng thái cân bằng
  26. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - hoặc không. Trong trường hợp đó, ta phải sử dụng phương pháp c2 (xem chương 1). Ví dụ: Để khảo sát trạng thái cân bằng H-W, ta hãy xét quần thể người Mỹ da trắng gốc Âu đã cho ở bảng 12.1. Từ số người mang các nhóm máu M, MN vàN tương ứng là 1.787; 3.039; và 1.303 (với N = 6.129), ta tính được tần số của các allele M và N là p và q như sau: p = 1.787 + 1/2(3.039) = 0,539 và q = 1 - p = 0,461. Từ đây tính được tần số kỳ vọng của các kiểu gene: MM p2 = (0,539)2 = 0,292 MN 2pq = 2(0,539)(0,461) = 0,497 NN q2 = (0,461)2 = 0,211 Và số cá thể kỳ vọng của chúng: MM p2 × N = 0,292 × 6.129 = 1.787,2 MN 2pq × N = 0,497 × 6.129 = 3.044,9 NN q2 × N = 0,211 × 6.129 = 1.296,9 So sánh các số liệu quan sát và kỳ vọng về từng kiểu gene ta thấy có sự phù hợp sít sao, chứng tỏ quần thể ở trạng thái cân bằng H-W. Thật vậy, nếu kiểm tra bằng trắc nghiệm (khi) x2, ta có: (khi) x2 = + + = 0,04 Tra bảng phân phối c2 ứng với P = 0,05 và 1 bậc tự do ta tìm được trị số (khi) x2 bằng 3,84. Vì trị số thực tế là rất nhỏ so với trị số lý thuyết, chứng tỏ giữa các số liệu quan sát và kỳ vọng hầu như trùng khớp nhau hoàn toàn; nghĩa là, quần thể ở trạng thái cân bằng H-W.
  27. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Di truyền học quần thể ( phần 5 ) Nguyên lý Hardy-Weinbeirg Năm 1908, nhà toán học người Anh Godfrey H.Hardy và bác sĩ người Đức Wilhelm Weinberg đã độc lập chứng minh rằng có tồn tại một mối quan hệ đơn giản giữa các tần số allele và các tần số kiểu gene mà ngày nay ta gọi là định luật hay nguyên lý Hardy-Weinberg (viết tắt: H -W ). 1. Nội dung nguyên lý H-W Trong một quẩn thể ngẫu phối kích thước lớn, nếu như không có áp lực của các quá trình đột biến, di nhập cư, biến động di truyền và chọn lọc, thì tần số các allele được duy trì ổn định từ thế hệ này sang thế hệ khác và tần số các kiểu gene (của một gene gồm hai allele khác nhau) là một hàm nhị thức của các tần số allele, được biễu diễn bằng công thức sau: ( p + q )2 = p2 + 2pq + q2 = 1 2. Chứng minh Ở một quần thể Mendel, xét một locus autosome gồm hai allele A1 và A2 có tần số như nhau ở cả hai giới đực và cái. Ký hiệu p và q cho các tần số allele nói trên (p + q =1). Cũng giả thiết rằng các cá thể đực và cái bắt cặp ngẫu nhiên, nghĩa là các giao tử đực và cái gặp gỡ nhau một cách ngẫu nhiên trong sự hình thành các hợp tử. Khi đó tần số của một kiểu gene nào đó chính là bằng tích của các tần số hai allele tương ứng. Xác suất để một cá thể có kiểu gene A1A1 là bằng xác suất (p) của allele A1 nhận từ 2 mẹ nhân với xác suất (p) của allele A1 nhận từ bố, hay p.p = p . Tương 2 tự, xác suất mà một cá thể có kiểu gene A2A2 là q . Kiểu gene A1A2 có thể xuất hiện theo hai cách: A1 từ mẹ và A2 từ bố với tần số là pq, hoặc A2 từ mẹ và A1 từ bố cũng với tần số pq; vì vậy tần số của A1A2 là pq + pq = 2pq (Bảng 12.2). Điều chứng minh trên được tóm tắt như sau: * Quần thể ban đầu có 3 kiểu gene : A1A1 A1A2 A2A2 Tổng Tần số các kiểu gene : P H Q 1 Tần số các allele : p = P + ½H ; q = Q + ½H * Quần thể thế hệ thứ nhất sau ngẫu phối có :
  28. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Tần số các kiểu gene = (p + q)2 = p2 + 2pq + q2 1 2 Tần số các allele: f(A1) = p + ½(2pq) = p(p+q) = p 2 f(A2) = q + ½(2pq) = q(p+q) = q Nhận xét: Từ chứng minh trên cho thấy các tần số allele ở thế hệ con giống hệt ở thế hệ ban đầu, nghĩa là f(A1) = p và f(A2) = q. Do đó, các tần số kiểu gene ở thế hệ tiếp theo vẫn là p2, 2pq và q2 (giống như ở thế hệ thứ nhất sau ngẫu phối). Điều đó chứng tỏ rằng các tần số kiểu gene đạt được cân bằng chỉ sau một thế hệ ngẫu phối. Trạng thái ổn định về thành phần di truyền được phản ánh bằng công thức H-W như vậy được gọi là cân bằng H-W (Hardy-Weinberg equilibrium). Bảng 2 Các tần số H-W sinh ra từ sự kết hợp ngẫu nhiên các giao tử Tần số giao tử cái p(A1) q(A2) 2 Tầnsố p(A1) p (A1A1) pq(A1A2) 2 gtử q(A2) pq(A1A2) q (A2A2) đực 3. Các mệnh đề và hệ quả (1) Nếu như không có áp lực của các quá trình tiến hoá (đột biến, di nhập cư, biến động di truyền và chọn lọc), thì các tần số allele được giữ nguyên không đổi từ thế hệ này sang thế hệ khác. Đây là mệnh đề chính của nguyên lý hay định luật H-W. (2) Nếu sự giao phối là ngẫu nhiên, thì các tần số kiểu gene có quan hệ với các tần số allele bằng công thức đơn giản: ( p+q )2 = p2 + 2pq + q2 =1. (3) Hệ quả 1: Bất luận các tần số kiểu gene ban đầu (P, H, Q) như thế nào, miễn sao các tần số allele ở hai giới là như nhau, chỉ sau một thế hệ ngẫu phối các tần số kiểu gene đạt tới trạng thái cân bằng (p2, 2pq và q2). (4) Hệ quả 2: Khi quần thể ở trạng thái cân bằng thì tích của các tần số đồng hợp tử bằng bình phương của một nửa tần số dị hợp tử, nghĩa là: p2.q2 = (2pq/2)2 Thật vậy, khi quần thể ở trạng thái cân bằng lý tưởng, ta có: H = 2pq
  29. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Biến đổi đẳng thức trên ta được: pq = ½H Bình phương cả hai vế, ta có: p2.q2 = (½H)2, trong đó H = 2pq. Như vậy đẳng thức này cho thấy mối tương quan giữa các thành phần đồng hợp và dị hợp khi quần thể ở trạng thái cân bằng lý tưởng. (5) Hệ quả 3: (i) Tần số của các thể dị hợp không vượt quá 50%, và giá trị cực đại này chỉ xảy ra khi p = q = 0,5 Þ H = 2pq = 0,5; lúc này các thể dị hợp chiếm một nửa số cá thể trong quần thể; (ii) Đối với allele hiếm (tức có tần số thấp), nó chiếm ưu thế trong các thể dị hợp nghĩa là, tần số thể dị hợp cao hơn nhiều so với tần số thể đồng hợp về allele đó. Điều này gây hậu quả quan trọng đối với hiệu quả chọn lọc (xem thêm ở mục 1.5.2 dưới đây). 4. Tần số giao phối và sự kiểm chứng nguyên lý H-W Nguyên lý H-W có thể được chứng minh theo một cách khác dựa trên tần số của các kiểu giao phối. Mặc dù nó cồng kềnh hơn phương pháp đã xét nhưng lại cho thấy rõ hơn bằng cách nào các tần số H-W phát xuất từ quy luật phân ly của Mendel. Xét cấu trúc giao phối của quấn thể ngẫu phối như trên ta thấy có cả thảy là chín kiểu giao phối với tần số giao phối như ở Bảng 3. Vì tần số mỗi kiểu gene ở hai giới được xem là như nhau, nên một số kiểu giao phối thuận nghịch là tương đương vì vậy chỉ còn lại sáu kiểu giao phối khác nhau với tần số tương ứng được nêu ở hai cột đầu tiên của bảng 12.4. Bây giờ ta xét các kiểu gene đời con sinh ra từ mỗi kiểu giao phối và sau đó tìm tần số của mỗi kiểu gene trong toàn bộ đời con, với giả thiết rằng tất cả các kiểu giao phối đều hữu thụ ngang nhau và tất cả các kiểu gene đều có sức sống như nhau. Kết quả này được trình bày ở phía bên phải Bảng 4. Sau khi rút gọn ta được các tần số kiểu gene đời con tương ứng là p2 , 2pq và q2 (ở dòng cuối cùng của bảng). Các trị số này chính là các tần số cân bằng H-W (equilibrium frequencies) đạt được sau một thế hệ ngẫu phối, bất luận các tần số kiểu gene ở đời bố mẹ như thế nào. Bảng 3 Tần số của các kiểu giao phối ngẫu nhiên Giới đực A1A1 A1A2 A2A2 (P) (H) (Q) Giới cái 2 A1A1 (P) P PH PQ 2 A1A2 (H) PH H QH
  30. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - 2 A2A2 (Q) PQ QH Q Bảng 4 Nguyên lý Hardy-Weinberg đối với hai allele Bố mẹ Đời con Kiểu giao phối Tần A1A1 A1A2 A2A2 số 2 2 A1A1 ´ A1A1 P P - - A1A1 ´ A1A2 2PH PH PH - A1A1 ´ A2A2 2PQ - 2PQ - 2 2 2 2 A1A2 ´ A1A2 H ¼H ½H ¼H A1A2 ´ A2A2 2HQ - HQ HQ 2 2 A2A2 ´ A2A2 Q - - Q Tổng 1 (P+½H)2 =p2 : 2(P+½H)(Q+½H) =2pq : (Q+½H)2 = q2 Các khái niệm cơ bản của Di truyền học quần thể 1. Quần thể (population) Trong tiến hoá, cá thể không được xem là đơn vị thích hợp bởi vì: kiểu gene của một cá thể được giữ nguyên trong quãng đời của nó; hơn nữa, cá thể có tính tạm bợ (dù nó có thể sống tới cả nghìn năm như cây tùng ). Ngược lại, một quần thể thì có tính liên tục qua thời gian và mặt khác, thành phần di truyền của nó có thể thay đổi tiến hoá qua các thế hệ. Sự hình thành các quần thể địa phương tại những vùng lãnh thổ khác nhau chính là phương thức thích ứng của loài trước tự nhiên. Quần thể vì vậy được xem là đơn vị tiến hóa cơ sở. Theo A.V.Yablokov (1986), quần thể là một nhóm các cá thể cùng loài có khả năng giao phối tự do với nhau, chiếm cứ một khu phân bố xác định và trải qua một khoảng thời gian tiến hoá lâu dài để hình thành nên một hệ thống di truyền độc lập và một ổ sinh thái riêng. Nói ngắn gọn, quần thể là một nhóm sinh vật có khả năng giao phối qua lại và cùng chia xẻ một vốn gene chung (Ridley 1993). Nó còn được gọi là quần thể Mendel, mà tập hợp lớn nhất là loài (species). 2. Các hệ thống giao phối (mating systems)
  31. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - Trên nguyên tắc, cấu trúc di truyền của quần thể ở thế hệ sau được xác định bởi xác suất kết hợp của các giao tử thế hệ trước trong quá trình thụ tinh. Do đó, nó phụ thuộc vào kiểu giao phối của các bố mẹ. Trong di truyền học quần thể, người ta phân biệt ba kiểu giao phối: Giao phối ngẫu nhiên hay ngẫu phối (random mating hay panmixia), giao phối chọn lựa (assortative mating), và nội phối (inbreeding). - Ngẫu phối là kiểu giao phối trong đó xảy ra sự bắt cặp ngẫu nhiên giữa các cá thể đực và cái trong quần thể. Lưu ý rằng định nghĩa quần thể trên đây được áp dụng cho các quần thể thuộc hệ thống ngẫu phối; chúng chiếm vị trí rất quan trọng trong hệ thống các loài và được đề cập chủ yếu trong suốt chủ đề này. - Giao phối chọn lựa là kiểu giao phối trong đó các cá thể đực và cái không bắt cặp ngẫu nhiên mà có sự lựa chọn theo kiểu hình. Có hai trường hợp: (1) Nếu như các cá thể có xu hướng giao phối với các cá thể khác có kiểu hình tương tự, thì gọi là giao phối chọn lựa dương tính (positive assortative mating); và (2) Nếu như sự lựa chọn ít được quan tâm nhưng tần số của các cặp giao phối vẫn khác xa với tần số của các cặp ngẫu phối, thì gọi là giao phối không lựa chọn (disassortative mating) hay chọn lựa âm tính (negative assortative mating). Chẳng hạn, ở người, sự giao phối có lựa chọn xảy ra đối với các tính trạng như chiều cao, màu mắt, màu tóc Vì vậy nó chỉ ảnh hưởng đến các tần số kiểu gene của locus nào có liên quan đến việc xác định kiểu hình được sử dụng trong giao phối. Còn kiểu giao phối không lựa chọn phổ biến trong các hệ thống tự bất dục (self-sterility) ở thực vật. - Nội phối là sự giao phối không ngẫu nhiên xảy ra giữa các cá thể có quan hệ họ hàng gần hoặc điển hình là sự tự thụ tinh (xem mục IV). 3. Vốn gene (gene pool) Vốn gene là tập hợp toàn bộ các allele ở tất cả các gene của mọi cá thể trong quần thể tại một thời điểm xác định. Vốn gene này được sử dụng chung cho các cá thể trong quần thể. Mỗi quần thể đặc trưng bằng một vốn gene nhất định và nó được mô tả bằng tần số các allele ở từng locus. 4. Tần số kiểu gene và tần số allele Để mô tả thành phần di truyền của một quần thể ta cần phải xác định kiểu gene của các cá thể và số cá thể của mỗi kiểu gene. Giả sử trong một
  32. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - quần thể sinh vật lưỡng bội gồm N cá thể, xét một locus A thuộc nhiễm sắc thể thường (autosome) với hai allele A1 và A2 có mặt trong các cá thể. Lúc đó sẽ có ba kiểu gene: A1A1, A1A2 và A2A2 với số lượng tương ứng là N11, N12 và N22; (N = N11 + N12 + N22). Nếu ký hiệu P, H và Q là tần số tương ứng với các kiểu gene trên, ta có: P = N11 / N; H = N12 / N và Q = N22 / N ; (P + H + Q = 1) Từ đây ta có thể tính được các tần số gene hay allele (gene or allelic frequencies) A1 và A2, với ký hiệu tương ứng là p và q ( p +q =1), như sau: p = = P +1/2 H q = = Q +1/2 H ( hay q =1-p ) Tóm tắt: (1) Vốn gene của một quần thể có N cá thể bao gồm 2N hệ gene đơn bội. Mỗi hệ gene gồm tất cả các thông tin di truyền nhận được từ một cha mẹ. Đối với mỗi locus autosome, trong vốn gene quần thể sẽ có 2N allele. (2) Tần số kiểu hình (phenotypic frequency) bằng số lượng cá thể của kiểu hình cụ thể chia cho tổng số cá thể của quần thể. (3) Tần số kiểu gene (geneotypic frequency) bằng số lượng cá thể của kiểu gene cụ thể chia cho tổng số cá thể của quần thể. (4) Tần số allele (allelic frequency) bằng hai lần số lượng cá thể đồng hợp cộng với số cá thể dị hợp về allele đó chia cho hai lần tổng số cá thể của quần thể; hay tần số của một allele bằng tần số kiểu gene đồng hợp cộng với một nửa tần số kiểu gene dị hợp về allele đó. Lưu ý: (i) Tổng các tần số kiểu hình, kiểu gene hay allele thuộc một locus nào đó luôn luôn bằng đơn vị; (ii) Tần số allele hay tần số gene như một số nhà khoa học thường gọi (Crow 1986; Falconer và Mackay 1996) là khái niệm căn bản nhất của di truyền học quần thể; nó là dấu hiệu đặc trưng của một quần thể cho phép phân biệt với các quần thể khác trong cùng một loài; (iii) Để cho tần số các allele quan sát được là đặc trưng của một quần thể, thì mẫu thu được phải là ngẫu nhiên và có kích thước đủ lớn; (iv) Để tiện cho một số mục đích mô tả các biến dị di truyền ở một locus, người ta sử dụng chủ yếu tần số các allele chứ không phải tần
  33. Simpo PDF Merge and Split Unregistered Version - số các kiểu gene, bởi vì ở một locus thường có số allele ít hơn số kiểu gene; (v) Thuật ngữ "thành phần" hay "cấu trúc di truyền của quần thể" dùng để chỉ tần số tương đối của các allele và các kiểu gene trong quần thể tại một thời điểm xác định. Ví dụ: Số liệu phân bố của hệ nhóm máu M-N ở một số quần thể người ở bảng 1 cho thấy: (1) Mỗi quần thể ở một vùng địa lý nhất định đều có các tần số allele đặc trưng ; (2) Trong khi ở quần thể người Mỹ gốc Âu có các tần số allele M và N hầu như tương đương, mặc dù tần số allele M cao hơn khoảng 8%, thì quần thể thổ dân Úc có tần số allele N rất cao (nhiều gấp 4,6 lần tần số allele M); còn ở bộ tộc da đỏ Navaho nói riêng và ở vùng Trung-Nam Mỹ nói chung có tần số allele M rất cao. Bảng 1. Tần số các nhóm máu hệ M-N ở một số quần thể người Quần thể Số lượng Tần số kiểu gene Tần số allele M MN N LMLM LMLN LNLN LM LN Bộtộc 305 52 4 0,845 0,144 0,917 Navaho 0,011 0,083 Thổ dân Úc 22 216 492 0,030 0,296 0,178 0,674 0,822 Mỹ gốc Âu 1787 3039 0,292 0,496 0,539 1303 0,213 0,461